司法实践中，因被害人、被不起诉人不服不起诉决定时，上级人民检察院、本院控告申诉部门应依 法进行复查。其结果是不起诉决定可能被撤销，由作出不起诉决定的人民检察院提起公诉。同时，人民检察院发现不起诉决定确有错误，符合起诉条件的，应当撤销 不起诉决定，提起公诉。人民检察院刑事诉讼规则第二百七十八条规定：审查起诉部门办理案件时，可以适用本规则规定的侦查措施和程序。由此带来的问题：一是 审查起诉部门是否应当直接提起公诉，二是若是按照审查起诉程序，能否进行退回补充侦查或自行补充侦查，以及审查起诉的期限如何，刑诉规则未予明确，给司法 实践带来不便。
　　笔者认为，本院作出的不起诉决定被上级院或本院依法撤销后，公诉部门根据案件情况可 以按照审查起诉的程序，即仍然可以退回公安机关补充侦查或由本院自行侦查，但曾经提起公诉到法院审理，又依法撤回起诉的，不应退回公安机关，应由本院进行 补充侦查新的证据材料，以进一步符合证据条件，保证公诉案件质量，而不应当统一要求直接提起公诉。至于审查起诉的期限，由于规则规定是弹性内容条款，应当 明确审查起诉部门办理案件时，适用本规则规定的程序，即人民检察院对于移送审查起诉的案件，应当在一个月内作出决定;重大、复杂的案件，经检察长批准，可 以延长十五日(规则第二百七十二条规定)和人民检察院在审查起诉中决定自行侦查的，应当在审查起诉期限内侦查完毕(规则第二百六十九条)，即自行补充侦查 时间计入审查起诉期限。同时还应受到最高人民法院解释第一百五十七条规定的约束，即在庭审过程中，公诉人发现案件需要补充侦查，提出延期审理建议的次数不 得超过两次。